Die Geschichte verbindet alle Marvel-Universen. Die Spieler übernehmen Iron Man, Spider-Man, den Hulk, Captain America, Wolverine und viele andere Marvel-Charaktere, um Loki und weitere Marvel-Schurken vom Bau einer Superwaffe abzuhalten, die die Welt zerstören könnte. Die Jagd führt durch ein fantasievolles Lego-Manhattan.